Эд оказался в нашем мире, где нет алхимии, но есть Третий Рейх, а Эд остался в их мире и получил свое тело таким же, каким он его потерял, но при этом ему стерло память.
А те врата оказались вратами между мирами, причем алхимики на самом деле использовали энергию, которые выделяют души мертвых при проходе через эти врата, а значит никакого равноценного обмена не существовало никогда.