С флэшки вирус можно даже вручную удалить.
Не вставляя флэшку в свой компьютер, нужно сначала отключить автозапуск с неё. Как это сделать, читать тут:
http://forum.ixbt.com/topic.cgi?id=22:63213 Потом нужно открыть любое окно проводника (хотя бы "Мой компьютер" или "Мои документы"), в верхнем меню найти "Сервис" и выбрать оттуда "Свойства папки". Откроется окошко. Там перейти на вкладку "Вид" и найти параметр "Отображение скрытых файлов и папок". Поставить переклюбчатель на "Показывать скрытые файлы и папки". Также снять галочки с пунктов "Скрывать защищённые системные файлы" и "Скрывать расширения для зарегистрированных типов файлов". Применить изменения. Потом вставить флэшку, открыть её (щёлкнуть правой кнопкой и выбрать "Открыть" или "Проводник"). Увидишь свои файлы. Ищи все скрытые (они будут отображены полупрозрачными значками) и удаляй их. Флэшка чистая.